Dalam melaksanakan tugas , Seksi Tindak Pidana  Khusus  menyelenggarakan fungsi:

1. Penyiapan perumusan kebijaksanaan teknis di bidang tindak pidana khusus berupa pemberian bimbingan, pembinaan dan pengamanan teknis ;
2. Penviapan rencana, pelaksanaan dan pengendalian kegiatan penyelidikan, penyidikan, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, penuntutan dan pengadministrasiannya;
3. Melaksanakan penetapan hakim dan putusan pengadilan, pengawasan terhadap pelaksanaan keputusan lepas bersyarat dan tindakan hukum lain dalam perkara tindak pidana khusus serta pengadministrasiannya;
4. Pembinaan kerjasama dan koordinasi dengan instansi terkait dan memberi bimbingan serta petunjuk teknis kepada penyidik dalam penanganan perkara tindak pidana korupsi, ekonomi dan tindak pidana khusus yang lain serta pengadministrasiannya;
5. Penyiapan bahan sarana konsepsi tentang pendapat dan atau pertinibangan hukum Jaksa Agung mengenai perkara tindak pidana khusus dan masalah hukum lain dalam kebijaksanaan hukum
6. Peningkatan kemampuan, keterampilan dan integritas kepribadian aparat tindak pidana khusus

Seksi Tindak Pidana Khusus terdiri dari :

1. Subseksi Penyidikan dan Pengendalian Operasi ;
2. Subseksi Penuntutan, Upaya Hukum Luar Biasa dan Eksekusi

SUBSEKSI PENYIDIKAN DAN PENGENDALIAN OPERASI

Subseksi Penyidikan  mempunyai tugas melakukan segala sesuatu yang berhubungan dengan kegiatan penyidikan dan penuntutan tindak pidana khusus menyiapkan bahan, membuat telaahan dan meberikan bimbingan teknis terhadap kegiatan penyidikan dan penuntutan tindak pidana khusus serta menyelenggarakan administrasi dan dokumentasi.

SUBSEKSI PENUNTUTAN, UPAYA HUKUM LUAR BIASA DAN EKSEKUSI

Subseksi Penuntutan, Upaya Hukum Luar Biasa Dan Eksekusi mempunyai tugas melakukan urusan penuntutan melakukan upaya hukum, eksekusi dan eksaminasi terhadap perkara tindak pidana khusus serta pengadministrasian dan pendokumentasian. Upaya Hukum Luar Biasa dan Eksekusi, Pengajuan Grasi, Upaya Hukum Luar Biasa serta peningkatan teknis pelaksanaan.